安全性

ボツリヌス症（乳幼児ボツリヌス症）
蜂蜜中にはボツリヌス菌の胞子（芽胞）が含まれていることがある。蜂蜜中でボツリヌス菌が繁殖して毒素を作ることはなく、また通常蜂蜜中のボツリヌス菌は消化管内で胃酸により殺菌されたり腸内細菌叢により繁殖を阻まれるため、危険性はほとんどないとされているが消化器官・腸内細菌叢が未発達な乳児の場合、腸管までボツリヌス菌が届いてしまうことがある。1987年10月20日、厚生省から「一歳未満の乳児には与えてはいけない」旨の通達が出された。芽胞は高温高圧殺菌処理（120℃で4分以上）の加熱で不活性化されるが、蜂蜜においては酵素が変質するのでこの処理は不向きである[11]。
アレルギー
特定の植物へのアレルギーがある場合は、採取した植物が判明している商品の利用が望ましい。特にソバの花から採った蜂蜜は注意すべきである。
有毒植物
トリカブト、レンゲツツジの花粉や蜜は有毒である[12][13]。
ツツジ科植物の有毒性は古くから知られ、紀元前4世紀のギリシャの軍人・著述家のクセノフォン（Xenophon）は著書の中で兵士たちがツツジ属植物やハナヒリノキ（Leucothoe grayana）の蜜に由来する蜂蜜で中毒した様子を記録[14]。
添加物
日本では養蜂家が小規模なことや養蜂に適した環境が少ないこともあり、国産蜂蜜は輸入品にくらべ一般に高価である。輸入品に比べ品質が高く安全と思われているが実際には国産品から検出されてはいけないとされる抗生物質が検出されるなど、必ずしも外国産と比べ安全とは言いきれない。日本養蜂はちみつ協会によると、国産蜂蜜の価格は1kgあたり1500円から4000円であるという[15]。2002年には、中国産ハチミツから抗生物質であるストレプトマイシンが繰り返し検出された事例がある。